工作原理上，二氧化碳打标机以 CO?气体为工作介质，在电高压作用下，气体放电产生波长 10.64μm 的激光，属热光源。通过热效应使材料表面迅速气化、烧蚀或发生物理化学变化来标记。而常见的光纤激光打标机等，如光纤激光打标机采用光纤激光器，输出波长 1064nm 的连续可调激光（红外光），部分靠材料对激光的吸收产生热作用标记，小功率光纤激光能被小分子结构材料较好吸收 。
适用材料有明显差异。二氧化碳打标机能量强，适用于大多数非金属材料，像木材、皮革、布料、纸张、亚克力、陶瓷、石材、塑料等。比如在家具生产中，可在木质表面清晰标记品牌 logo 。而其他激光打标机各有侧重，光纤激光打标机主要用于金属材料和部分非金属材料，如普通金属及合金、稀有金属及合金、金属氧化物、特殊表面处理材料等。在电子设备的金属外壳上标记型号，光纤激光打标机就很合适。
打标精度和效果不同。二氧化碳打标机光斑相对大，适合一般精度要求和较深打标，能进行深度雕刻，在建筑陶瓷上雕刻复杂图案时可发挥优势。但对于超精细图案、文字，其精度不如某些激光打标机。例如紫外激光打标机，波长 355nm，波长短，能实现高精度微细加工，在电子元器件上标记很小的线路图或编号，精度高 。
热影响方面，二氧化碳打标机因热效应，对材料热影响大，不适合对热敏感材料。像在塑料薄膜上打标，可能导致薄膜变形。而紫外激光打标机等属于冷光源，热影响小，适合热敏感材料加工 。
在工业生产中，依据材料特性、打标精度和深度要求等，合理选择二氧化碳打标机或其他激光打标机，才能更快、优先地完成标记任务。
