但是，建设追溯体系也出现了一些新问题，如地区之间缺乏互通，信息无法共享；由于各环节监管职能部门不同，追溯体系没有贯通，不利于全程监管；制度标准不健全，缺乏统一的行业标准，各类标准、规范及查询手段层出不穷。另外，建设成本低、后期维护成本高也成为影响部分地区和企业积极建设追溯体系的主要原因之一。
喜清江代表建议，产品追溯体系建设，要从顶层设计入手，设置行业准入门槛，凡从事农产品种植、食品原辅料加工销售的企业均应配套建设产品追溯体系；从产品源头抓起，确定综合牵头部门，促进各部门间协调配合、统筹推进不同类别产品追溯体系建设进程，建立从种植、储运、加工、包装及销售为一体的全链条产品追溯体系，实现互联互通；从长远发展谋划，在各个行业建立统一规范的产品可追溯体系，让老百姓吃得放心、用得舒心。
